Niels Balle er uddannet på Det Kgl. Teaters balletskole, hvor han i 1983 blev medlem af Den Kgl. Ballet. Her har han danset en lang række store partier, blandt andet James i Sylfiden, balletmesteren i Konservatoriet, fyrst Gremin i Onegin og Benvolio i Romeo og Julie. Niels Balle har instrueret og undervist kompagniet, samt været ansvarlig for aspiranternes undervisning,

Sideløbende med danserkarrieren underviste Niels Balle på Det kgl. Teaters Balletskole og fungerede som forstander for Det Kgl. Teaters Balletskole fra 2006 – 2012.

Fra januar 2013 til september 2018 varetog han stillingen som kunstnerisk leder af Tivolis balletskole. Tivoli Balletskole er en balletskole, der ud over undervisningen også giver eleverne indblik i og praktisk erfaring med professionelle danseforestillinger.